Sejarah Kerajaan Kesultanan Melayu di Malaysia telah bermula dari Kerajaan Langkasuka Purba dan Kerajaan Melayu Melaka. Kebanyakan Kesultanan negeri di Malaysia berakar dari Kerajaan Melayu Melaka yang diasaskan oleh Parameswara pada tahun 1400 masihi. Walaubagaimanapun, Kerajaan Kesultanan Kedah terkecuali kerana asal usulnya berasal dari Kerajaan Langkasuka iaitu sebuah kerajaan purba yang diasaskan pada abad ke-2 masihi. Kerajaan Kedah juga merupakan kerajaan yang paling tua di Malaysia dan berkemungkinan juga Kerajaan yang paling tertua di dunia.

Jawatan Yang di-Pertuan Agong diwujudkan hasil daripada Perakuan Suruhanjaya Reid yang merangka Perlembagaan Persekutuan.Cadangan jawatan Yang Dipertuan Agong timbul berikutan tentangan terhadap penubuhan Malayan Union yang dilihat cuba menghapuskan Institusi Raja-Raja Melayu. Pada Ogos 1957, setelah memilih gelaran Yang di-Pertuan Agong dan menolak gelaran Yang di-Pertuan Besar yang dicadangkan sebelum itu, Majlis Raja-Raja telah bersidang untuk mengundi pemegang takhta yang pertama.

Jika menurut tempoh lama raja memerintah, Major-Jeneral Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar (Sultan Johor) yang dilantik menjadi Sultan pada tahun 1895, merupakan sultan yang paling lama memerintah, tetapi baginda menolak perlantikan tersebut disebabkan telah lanjut usia (ketika itu baginda berusia 84 tahun). Yang kedua dalam turutan, Sultan Sir Abu Bakar Riayatuddin Al-Muadzam Shah ibni Almarhum Sultan Abdullah Al-Mutassim Billah Shah (Sultan Pahang) yang memerintah pada tahun 1932, tidak mendapat mandat secukupnya untuk dilantik. Yang lama memerintah seterusnya, Tuanku Abdul Rahman ibni Almarhum Tuanku Muhammad dari Negeri Sembilan, yang menaiki takhta pada tahun 1933, kemudiannya telah dilantik menjadi Yang di-Pertuan Agong Pertama Persekutuan Tanah Melayu pada masa itu.

1.	Sultan Sir Abu Bakar Riayatuddin Al-Muadzam Shah ibni Almarhum Sultan Abdullah Al-Mutassim Billah Shah	Sultan Pahang	1932-1974
2.	Tuanku Abdul Rahman ibni Almarhum Tuanku Muhammad	Yang di-Pertuan Besar Negeri Sembilan	1933-1960
3.	Al-Marhum Sultan Hisamuddin Alam Shah Al-Haj ibni Almarhum Sultan Alaeddin Sulaiman Shah	Sultan Selangor	1938-1942 1945-1960
4.	Sultan Badlishah ibni Almarhum Sultan Abdul Hamid Halim Shah	Sultan Kedah	1943-1958
5.	Sultan Ibrahim Petra ibni Almarhum Sultan Muhammad IV	Al-Sultan Kelantan	1944-1960
6.	Tuanku Syed Putra ibni Almarhum Syed Hassan Jamalullail	Raja Perlis	1945-2000
7.	Sultan Ismail Nasiruddin Shah ibni Almarhum Sultan Zainal Abidin III	Sultan Terengganu	1945-1979
8.	Sultan Yusuf Izzudin Shah ibni Almarhum Sultan Abdul Jalil Nasruddin Shah	Sultan Perak	1948-1963
9.	Tunku Ismail ibni Sultan Sir Ibrahim	Tunku Mahkota Johor	1959-1981